Panu Juhani Somervuo

Henkilö

Tutkimuksen ja opetuksen kuvaus

My background is in signal processing, pattern recognition, and machine learning. Before starting to do bioinformatics, I was working with automatic speech recognition and neural networks at Neural Networks Research Centre, Helsinki University of Technology. Year 2005 I moved to Viikki campus of University of Helsinki. During 2005-2010 I did microarray data analysis including detection, gene expression, and array comparative genomic hybridization. Majority of that work was done with custom arrays where I did also the probe design. During that time I participated as a teacher in several microarray courses at UH and IT center CSC, and an Erasmus course in Italy. Year 2010 I joined Metapopulation Research Group to participate in a butterfly sequencing project. I have run NGS teaching courses both at the university and CSC in Finland, at University of Mauritius, Uppsala (Sweden), Cape Town (South Africa), and Bari (Italy). At the moment I am in Otso Ovaskainen's group working to build a taxonomic classifier for DNA data.

Being an engineer, I am interested in machine learning methods and Bayesian modeling. At the same time I am curious to understand biology better.

Sulje

Curriculum vitae

Viimeisimmät julkaisut

  1. Differential Isoform Expression and Selective Muscle Involvement in Muscular Dystrophies

    Huovinen, S., Penttila, S., Somervuo, P., Keto, J., Auvinen, P., Vihola, A., Huovinen, S., Pelin, K., Raheem, O., Salenius, J., Suominen, T., Hackman, P. & Udd, B. lokakuuta 2015 julkaisussa : American Journal of Pathology. 185, 10, s. 2833-2842 10 Sivumäärä

    Julkaisu: ArtikkelijulkaisuA1 Alkuperäisartikkeli tieteellisessä aikakauslehdessä

  2. Flight-induced changes in gene expression in the Glanville fritillary butterfly

    Kvist, J., Mattila, A. L. K., Somervuo, P., Ahola, V., Koskinen, P., Paulin, L., Salmela, L., Fountain, T., Rastas, P., Ruokolainen, A., Taipale, M., Holm, L., Auvinen, P., Lehtonen, R., Frilander, M. J. & Hanski, I. lokakuuta 2015 julkaisussa : Molecular Ecology. 24, 19, s. 4886-4900 15 Sivumäärä

    Julkaisu: ArtikkelijulkaisuA1 Alkuperäisartikkeli tieteellisessä aikakauslehdessä

  3. SANSparallel: interactive homology search against Uniprot

    Somervuo, P. & Holm, L. 1 heinäkuuta 2015 julkaisussa : Nucleic Acids Research. 43, W1, s. W24-W29 6 Sivumäärä

    Julkaisu: ArtikkelijulkaisuA1 Alkuperäisartikkeli tieteellisessä aikakauslehdessä

Näytä kaikki (44) »

Viimeisimmät aktiviteetit

  1. Epigenetics, coding and non-coding RNAs - Challenging NGS data

    Panu Juhani Somervuo (Puhuja: esitelmän pitäjä), 27 kesäkuuta 2014

    Aktiviteetti: Konferenssit, kurssit ja seminaarit Konferensseihin, kursseille ja seminaareihin osallistuminen ja näiden järjestäminen

  2. COST training school: Next Generation Sequencing Data Analysis

    Panu Juhani Somervuo (Puhuja: esitelmän pitäjä), 29 toukokuuta 2012

    Aktiviteetti: Konferenssit, kurssit ja seminaarit Konferensseihin, kursseille ja seminaareihin osallistuminen ja näiden järjestäminen

  3. NGS Assembly Course

    Panu Juhani Somervuo (Puhuja: esitelmän pitäjä), 5 syyskuuta 2012

    Aktiviteetti: Konferenssit, kurssit ja seminaarit Konferensseihin, kursseille ja seminaareihin osallistuminen ja näiden järjestäminen

Näytä kaikki (6) »

Koulutus

TkT

ID: 78962