Panu Juhani Somervuo

Henkilö

Tutkimuksen ja opetuksen kuvaus

My background is in signal processing, pattern recognition, and machine learning. Before starting to do bioinformatics, I was working with automatic speech recognition and neural networks at Neural Networks Research Centre, Helsinki University of Technology. Year 2005 I moved to Viikki campus of University of Helsinki. During 2005-2010 I did microarray data analysis including detection, gene expression, and array comparative genomic hybridization. Majority of that work was done with custom arrays where I did also the probe design. During that time I participated as a teacher in several microarray courses at UH and IT center CSC, and an Erasmus course in Italy. Year 2010 I joined Metapopulation Research Group to participate in a butterfly sequencing project. I have run NGS teaching courses both at the university and CSC in Finland, at University of Mauritius, Uppsala (Sweden), Cape Town (South Africa), and Bari (Italy). At the moment I am in Otso Ovaskainen's group working to build a taxonomic classifier for DNA data.

Being an engineer, I am interested in machine learning methods and Bayesian modeling. At the same time I am curious to understand biology better.

Sulje

Curriculum vitae

Viimeisimmät julkaisut

  1. Evaluation of a diagnostic microarray for the detection of major bacterial pathogens of potato from tuber samples

    Degefu, Y., Somervuo, P. J., Aittamaa, M., Virtanen, E. & Valkonen, J. P. T. 8 maaliskuuta 2016 julkaisussa : EPPO Bulletin. 46, 1, s. 103-111 9 Sivumäärä

    Julkaisu: ArtikkelijulkaisuA1 Alkuperäisartikkeli tieteellisessä aikakauslehdessä

  2. Minimum Information required for a DMET Experiment reporting

    Kumuthini, J., Mbiyavanga, M., Chimusa, E. R., Pathak, J., Somervuo, P., Van Schaik, R. H. N., Dolzan, V., Mizzi, C., Kalideen, K., Ramesar, R. S., Macek, M., Patrinos, G. P. & Squassina, A. syyskuuta 2016 julkaisussa : Pharmacogenomics. 17, 14, s. 1533-1545 13 Sivumäärä

    Julkaisu: ArtikkelijulkaisuA1 Alkuperäisartikkeli tieteellisessä aikakauslehdessä

  3. Unbiased probabilistic taxonomic classification for DNA barcoding

    Somervuo, P. J., Koskela, S. M., Pennanen, J. K., Nilsson, H. & Ovaskainen, O. T. 1 lokakuuta 2016 julkaisussa : Bioinformatics. 32, 19, s. 2920-7

    Julkaisu: ArtikkelijulkaisuA1 Alkuperäisartikkeli tieteellisessä aikakauslehdessä

Näytä kaikki (47) »

Viimeisimmät aktiviteetit

  1. COST training school: Next Generation Sequencing Data Analysis

    Panu Juhani Somervuo (Puhuja: esitelmän pitäjä), 29 toukokuuta 2012

    Aktiviteetti: Konferenssit, kurssit ja seminaarit Konferensseihin, kursseille ja seminaareihin osallistuminen ja näiden järjestäminen

  2. NGS Assembly Course

    Panu Juhani Somervuo (Puhuja: esitelmän pitäjä), 5 syyskuuta 2012

    Aktiviteetti: Konferenssit, kurssit ja seminaarit Konferensseihin, kursseille ja seminaareihin osallistuminen ja näiden järjestäminen

  3. Epigenetics, coding and non-coding RNAs - Challenging NGS data

    Panu Juhani Somervuo (Puhuja: esitelmän pitäjä), 27 kesäkuuta 2014

    Aktiviteetti: Konferenssit, kurssit ja seminaarit Konferensseihin, kursseille ja seminaareihin osallistuminen ja näiden järjestäminen

Näytä kaikki (6) »

Koulutus

TkT

ID: 78962