Yleisnäkymä

Tutkimuksen ja opetuksen kuvaus

My background is in signal processing, pattern recognition, and machine learning. Before starting to do bioinformatics, I was working with automatic speech recognition (ASR) and neural networks at Neural Networks Research Centre, Helsinki University of Technology. Year 2005 I moved to Viikki campus of University of Helsinki (UH). During 2005-2010 I did microarray data analysis including detection, gene expression, and array comparative genomic hybridization (aCGH). Majority of that work was done with custom arrays where I did also the probe design. During that time I participated as a teacher in several microarray courses at UH and IT center CSC, and one Erasmus course in Italy. Year 2010 I joined Metapopulation Research Group (MRG) to participate in a butterfly sequencing project. Its first step, now in progress, is to make a draft assembly of Melitaea cinxia genome.

My general research goal is to understand biology better. Being an engineer, I am interested in machine learning methods and Bayesian modeling. My dream would be to utilize those tools in collaboration with biologists to unravel a meaningful biological process and give it a mechanistic explanation.

Curriculum vitae

Viimeisimmät julkaisut

  1. Transcriptomic Analysis of (Group I) Clostridium botulinum ATCC 3502 Cold Shock Response

    Dahlsten, E., Isokallio, M., Somervuo, P., Lindstrom, M. & Korkeala, H. 24.02.2014 julkaisussa : PLoS One. 9, 2, 13 Sivumäärä89958

    Julkaisu: ArtikkelijulkaisuA1 Alkuperäisartikkeli tieteellisessä aikakauslehdessä

  2. Protein Secretome of Moss Plants (Physcomitrella patens) with Emphasis on Changes Induced by a Fungal Elicitor

    Lehtonen, M. T., Takikawa, Y., Rönnholm, G., Akita, M., Kalkkinen, N., Ahola-Iivarinen, E., Somervuo, P., Varjosalo, M. & Valkonen, J. P. T. 02.2014 julkaisussa : Journal of Proteome Research. 13, 2, s. 447-459 13 Sivumäärä

    Julkaisu: ArtikkelijulkaisuA1 Alkuperäisartikkeli tieteellisessä aikakauslehdessä

  3. The Cold-Induced Two-Component System CBO0366/CBO0365 Regulates Metabolic Pathways with Novel Roles in Group I Clostridium botulinum ATCC 3502 Cold Tolerance

    Dahlsten, E., Zhang, Z., Somervuo, P., Minton, N. P., Lindstrom, M. & Korkeala, H. 2014 julkaisussa : Applied and Environmental Microbiology. 80, 1, s. 306-319 14 Sivumäärä

    Julkaisu: ArtikkelijulkaisuA1 Alkuperäisartikkeli tieteellisessä aikakauslehdessä

Näytä kaikki (35) »

Viimeisimmät aktiviteetit

  1. COST training school: Next Generation Sequencing Data Analysis

    Panu Juhani Somervuo (Puhuja: esitelmän pitäjä), 29.05.2012

    Aktiviteetti: Konferenssit, kurssit ja seminaarit Konferensseihin, kursseille ja seminaareihin osallistuminen ja näiden järjestäminen

  2. NGS Assembly Course

    Panu Juhani Somervuo (Puhuja: esitelmän pitäjä), 05.09.2012

    Aktiviteetti: Konferenssit, kurssit ja seminaarit Konferensseihin, kursseille ja seminaareihin osallistuminen ja näiden järjestäminen

  3. Variant Calling from Genomic Sequencing Data EMBL course

    Panu Juhani Somervuo (Osallistuja), 18.07.201120.07.2011

    Aktiviteetti: Konferenssit, kurssit ja seminaarit Konferensseihin, kursseille ja seminaareihin osallistuminen ja näiden järjestäminen

Näytä kaikki (5) »

Viimeisimmät projektit

  1. Phytopathogen Research (PHYTOPATH)

    Asiegbu, F., Kasanen, R., Pasonen, H., Lehr, N., Chen, H., Jaber, E., Keriö, S., Lu, J., Niskanen , A., Nylund, S., Mgbeahuruike, A., Raffaello, T., Rytkönen, A., Sun, H., Terhonen, E., Pirhonen, M., Laurila, J., Nissinen, R., Nykyri, J., Pasanen, M., Hannukkala, A., Valkonen, J., Akita, M., Goytia, E., Rajamäki, M., Samouilova, O., Siddiqui, S., Somervuo, P. J., Takikawa, Y., Wang, Q., Wilson, P., Aittamaa, M., Ala-Poikela, M., Cuellar, W., Haikonen, T., Hiltunen, L. H., Kelloniemi, J., Kirchner, S., Lehtonen, M. J., Lehtonen, M., Marttinen, E., Mbanzibwa, D., Santala, J., Tian, Y., Tugume, A., Weinheimer, I. & Vuorinen, A.

    23.02.11 → …

    Projekti: Tutkimuksen arviointi 2011

Näytä kaikki (3) »